Florencia está conformado fundamentalmente por dos ecosistemas, el montañoso, aunque sus elevaciones no son muy significativas, las de mayor altura son el Pico Merino y el Pico 28 de enero, con poco más de 400 m sobre el nivel del mar, actualmente este sistema está medianamente reforestado y forma parte del Programa Turquino.
Este ecosistema brinda servicios de apoyo porque contribuye al desarrollo de los ciclos naturales, a la formación de suelos con medidas de protección y conservación, propicia la producción de frutales y forestales, suministra alimentos y agua para el consumo, y también recursos maderables.
Otros servicios que presta el ecosistema florenciano es el de regulación, principalmente al clima tropical húmedo, que al interactuar con el sistema montañoso se vuelve muy agradable, el de amortiguación de eventos meteorológicos como los huracanes y las tormentas y también sirve como un purificador de agua por naturaleza.
Los paisajes, de reconocida belleza, favorecen el equilibrio emocional de las personas, inspira a los creadores artísticos y se promueven incipientemente, como una opción turística de naturaleza en el polo de Cayo Coco.
Existe una base de campismo, Boquerón, que está enclavada en El Hoyo de los Indios, su ubicación en medio de la naturaleza, rodeada de montañas, y de una abundante vegetación, la hacen convivir en absoluta armonía con la naturaleza. Es un centro que además de acoger vacacionistas, promueve el cuidado del medio ambiente, y favorece la realización de estudios al ecosistema.
El otro ecosistema es el hidráulico formado por una red fluvial de ríos y arroyos y un embalse artificial, que es considerado el mayor de la provincia, todo ello descansa en la llamada vertiente sur de la cuenca Chambas. Esta gran reserva de agua no se aprovecha de manera óptima pues, no se cuenta con la infraestructura necesaria de acueductos y sistemas de riego para la agricultura, esto influye directamente en los rendimientos de la base económica fundamental. Presta servicios de apoyo a los ciclos naturales, suministro de alimentos y agua dulce. Desde lo cultural es proveedor de un bello paisaje y puede ser más explotado con fines recreativos y educacionales desde la perspectiva ambiental.
También existe el sistema de Cavernas de Boquerón, que tiene alto valor paisajístico, por lo que constituye un potencial atractivo turístico, sin embargo no es aprovechado adecuadamente. Sirve de apoyo a los ciclos naturales, y se han realizado diversos estudios de esa zona, sin embargo no se han socializado en el municipio, y por tanto ese conocimiento no se ha podido utilizar en el desarrollo sostenible.
Problemas que identifica el diagnóstico en los recursos naturales:
- Los suelos son poco profundos o muy poco profundos, su capa arable es de mediana a poco humificada y presentan una baja capacidad agrologica con predominio de una erosión fuerte.
- Los recursos hídricos, aun siendo relativamente abundantes, no tienen un adecuado aprovechamiento por carencia de sistemas de riego, la calidad del agua brindada a la población no es buena y se detectan problemas en numerosos cuerpos de agua por contaminación orgánica.
- La presencia de recursos minerales de importancia escasa, solo existe un yacimiento de asfaltita inexplotado totalmente, pese a que una de las carencias del municipio son los viales de acceso no asfaltados. Existen también reservas de áridos en explotación con reservas potenciales para la industria de materiales de la construcción.
- Los recursos forestales, pese a ser una zona montañosa, presentan un bajo índice de boscosidad (13,6%), hay incumplimientos en los planes de reforestación y especies autóctonas valiosas están en riesgo de extinción, por la tala indiscriminada. La faja hidro-reguladora está deforestada y con presencia abundante de marabú.
- Los recursos energéticos propios de fuentes renovables son una pequeña hidroelectrica que genera alrededor de un 16% de la energía consumida por el territorio y la biomasa generada por los centros porcinos, en ambos casos no se aprovecha todo el potencial existente.
- El sistema de Cavernas de Boquerón, tiene un alto valor paisajístico, y constituye un potencial atractivo turístico no aprovechado.