Se compone por montes naturales y plantaciones, estos ocupan 5114,1ha del territorio. El índice de boscosidad es del 13,6%, estando por debajo de la media nacional que es de un 22%, ya que existen 682,9ha de áreas deforestadas.
Los montes naturales se encuentran en áreas comprendidas desde Boquerón hasta Las Margaritas, y desde El Cafetal hasta El Palmar, conformados por especies como algarrobo cubano, almácigo, guácima, baría, cedro, jocuma, sigua, yaya, guacacoa, y soplillo. Algunas especies valiosas como la yaba, el sabicú y dagame están en fase de extinción debido a la tala indiscriminada, aparición de áreas dedicadas al cultivo y por la utilización no planificada de madera.
Las plantaciones están conformadas por especies introducidas, tales como: pino, eucalipto, caoba cubana, caoba hondureña, algarrobo indio, algarrobo de olor, teca, yorúa, bijaura y roble, estas son controladas por la Empresa Forestal en coordinación con entidades como Flora y Fauna y el sector productivo campesino.
Existen además diferentes tipos de frutales, orquídeas, helechos y palmas entre otros. Un caso específico es el de la “gaussia espirituana”, una especie que es endémica de la zona central del país, y de la que existe una población en el área de las canteras de piedra de Los Barriles, la única avistada en el municipio de Florencia. Otra de las especies de palma endémica de la zona es la palma azul, ubicada en los límites entre Florencia y el municipio espirituano de Jatibonico. Se han realizado investigaciones y se desarrolla educación ambiental en la zona.
Aquí se debe distinguir entre especies autóctonas o introducidas, y dentro de estas últimas, las que pueden representar una amenaza al ecosistema, así como también las especies exóticas invasoras, que en Florencia se evidencian en la abundancia del marabú, fundamentalmente en el área de la faja hidrorreguladora, a consecuencia del no cumplimiento de los planes de reforestación. Destacar que el marabú es también una potencialidad poco explotada, sobre todo en la producción de carbón.