El territorio posee una fauna variada teniendo en cuenta que existen muchas de las especies que pueblan el resto del país, ya sea las introducidas por el hombre como las originarias de la región.
Constituye un hecho singular la presencia de algunas especies menos abundantes, lo que está dado por las condiciones medioambientales propias de la zona del complejo de cavernas Boquerón, tal es el caso de mamíferos representados por el murciélago frutero (Artibeusjamaicensis), el murciélago insectívoro (Macrotuswaterhousei), el murciélago mariposa (Natales lepidus), y el murciélago pescador (Noctilioleporinus), estos dos últimos endémicos del territorio.
La abundancia y diversidad de especies de la flora y la fauna constituye otro elemento que influye sobre el desarrollo sostenible, pero en el caso de Florencia no es relevante.