La salud pública en el municipio se caracteriza por un desarrollo elevado y sostenido, cuenta con 61 instituciones de salud y un total de 837 trabajadores, entre ellos, 98 médicos, 17 estomatólogos, 74 licenciadas en enfermería, 43 técnicos básicos, 478 técnicos y obreros
Al analizar el cuadro de morbilidad general en Florencia, se observa que en cuanto a las principales enfermedades transmisibles, las infecciones respiratorias agudas y las enfermedades diarreicas agudas son las que más afectan a los habitantes del municipio, y esto se corresponde con la insuficiente calidad del agua ya expresada anteriormente. Hay otro grupo de infecciones que también aportan, y estas son las de transmisión sexual, que el número no resulta elevado por un subregistro marcado, por la connotación íntima de este tipo de afección.
La morbilidad por enfermedades no transmisibles se comporta como el resto del país, siendo las enfermedades del corazón y el cáncer las de mayor incidencia, seguidas por hipertensión arterial, diabetes, asma, accidentes vasculares encefálicos y riesgos de suicidio.
El comportamiento de la morbilidad está en estrecha relación con el de la mortalidad, así se tiene que prácticamente no existen fallecidos por causas de enfermedades transmisibles, siendo las no transmisibles las de mayor impacto en Florencia, sus pobladores fallecen, fundamentalmente por enfermedades cardiovasculares, cánceres y enfermedades cerebro vasculares.
Como se puede apreciar se puede influir en el mejoramiento del cuadro de salud, sobre la base de educación para la salud y promoción de estilos de vida saludables, así como dando solución a los problemas ambientales detectados.
El Programa Materno Infantil constituye un programa priorizado por la importancia del mismo en la atención al niño y la gestante, lo cual se sintetiza en que la tasa de mortalidad infantil se mantiene en 0.
Los adultos mayores cuentan con una casa de abuelos que acoge a 25 ancianos en horario diurno, y un hogar de ancianos que acoge 13 adultos mayores. Sin embargo estos servicios no resultan suficientes, teniendo en cuenta que Florencia es uno de los municipios con mayor índice de envejecimiento.
